Oma põhikirjaliste eesmärkide täitmiseks viib Migratsioonifond ellu erinevaid rändeteemalisi projekte, kaasates selleks nii riigieelarvelisi kui ka Euroopa fondide vahendeid. 

Käigusolevad projektid:

"Toetatud vabatahtlik tagasipöördumine (TVT) II"

Teostatud projektid: 

"Toetatud vabatahtlik tagasipöördumine I"

"UUS KODU − uusimmigrantide integreerimine Eesti ühiskonda ja nende sisenemine tööturule"

„Rahvusvahelise kaitse taotlejate ja rahvusvahelise kaitse saanud isikute informeerimine, nõustamine ja abistamine tagasipöördumisel päritoluriiki“